ترتيب النسخ من طرف الباحث
أولاً نسخة المؤلف وهي التي يسميها في عمد التحقيق النسخة الأم, ويجب ملاحظة اعتماد آخر نسخة كتبها المؤلف بيده أو أملاها على من كتبه من طلابه أو غيرهم, لأن المؤلف قد يكتب كتابه مرة أخرى ويضيف إليه من خلال قراءته له أو تدريسه لطلابه أو مراجعته إياه، يلي ذلك نسخة المؤلف التي قرأها المؤلف أو قرأت عليه وأثبت بخطه أنه قرأها أو قرأت عليه، يلي ذلك النسخة التي نقلت عن نسخة المؤلف أو قوبلت عليها، فيعرض نسخته على نسخة المؤلف أو يقارن بينهما حتى يتحقق أنها مطابقة لها، وهذه تأخذ في الترتيب رقم ثلاثة ، رابعا يأتي في الترتيب النسخة التي كتبت في عصر المصنَّف وعليها سماعات على عالم متقن ضابط أو علماء في مجال التخصص, وذلك أن بعض النسخ التي كتبت في عصر المصنِّف لكنها قرأت على علماء في نفس في مجال العلم والتخصص فأقروها ولم يتحفظوا عليها، أيضا النسخة التي كتبت في عصر المصنَّف لكن ليس عليها سماعات هذه تعتمد في التحقيق لكنها تأتي في مرحلة لاحقة، وأخيراً النسخ التي كتبت في عصر المؤلف وفيها يُقدَّم الأقدم على المتأخر والتي كتبها عالم أو قرأت على عالم، أو في حالات أخرى نصادف نسخا متأخرة مضبوطة تفضل أقدم منها يعتبرها تصحيف أو تحريف أو سقط، وهذه مسالة يحددها المحقق لأن النسخة المتأخرة إذا تبين المحقق أنها مضبوطة أكثر وقارنها بنسخة المؤلف أو النسخة التي تليها التي عرضت على المؤلف فوجدها أقرب إليه لا شك أنها ستأخذ ترتيباً متقدماً على النسخة التي هي أقدم منها على الزمان طالما انها تتصف بهذا الضبط وهذا الإتقان.
بقي مسألة أنه لا يجوز نشر كتاب عن نسخة واحدة إذا كان للكتاب نسخ أخرى معروفة، لئلا يعوز الكتاب إذا نُشر التحقيق العلمي مرة أخرى أن نقوم بتحقيقه، وهناك حد أو مجال ضيق يُسمح فيه بتحقيق الكتاب اعتمادا على نسخة واحدة وهي الحالة التي يثبت فيها قطعاً أن لا وجود لنسخ أخرى غير تلك النسخة، وللحاجة أو الاضطررار نقوم بتحقيق الكتاب على ضوء هذه النسخة الوحيدة, أما إذا ثبت أن هناك نسخ أخرى فالتحقيق ناقص ولا يمكن أن يعتد به ولا بد أن يتمم من خلال إحضار النسخ الأخرى.